CGIはHTML言語で書かれている訳ではありません．Perlというのが現在主流ですが，PHPやRuby，C/C++等もあります．ただし，Perlのみ設置可能なところもあったりします．というか，その方が多いでしょう．
まずは実行パスを直す必要があり，CGIファイルの数だけ直す必要があります．実行パスは1行目に大抵あります．例えばPerlであれば，/usr/local/bin/perl等ですが，サーバーによって違うのでこれもFAQなどを見てください．後はCGIによって違うのですが，大抵パスワードを入力する必要があるのが多いです．ちゃんと説明書を読んで設定のし忘れが無いようにしましょう．この際まずは余分なところを書き換えない方がいいでしょう．